日本樱花是乔木，高4-16米，树皮灰色。小枝淡紫褐色，无毛，嫩枝绿色，被疏柔毛。冬芽卵圆形，无毛。叶片椭圆卵形或倒卵形，长5-12厘米，宽2.5-7厘米，先端渐尖或骤尾尖，基部圆形，稀楔形，边有尖锐重锯齿，齿端渐尖，有小腺体，上面深绿色，无毛，下面淡绿色，沿脉被稀疏柔毛，有侧脉7-10对；叶柄长1.3-1.5厘米，密被柔毛，顶端有1-2个腺体或有时无腺体；托叶披针形，有羽裂腺齿，被柔毛，早落。
花序伞形总状，总梗极短，有花3-4朵，先叶开放，花直径3-3.5厘米；总苞片褐色，椭圆卵形，长6-7毫米，宽4-5毫米，两面被疏柔毛；苞片褐色，匙状长圆形，长约5毫米，宽2-3毫米，边有腺体；花梗长2-2.5厘米，被短柔毛；萼筒管状，长7-8毫米，宽约3毫米，被疏柔毛；萼片三角状长卵形，长约5毫米，先端渐尖，边有腺齿；花瓣白色或粉红色，椭圆卵形，先端下凹，全缘二裂；雄蕊约32枚，短于花瓣；花柱基部有疏柔毛
